W 1987 na czele KAB Obszaru III stanął przejściowo sędziwy Józef Wiśniewski, a po jego rezygnacji w styczniu 1988 - Jerzy Obiedziński (ewidencjonowany przez SB jako TW "Jawor"). Wkrótce doszło do konfliktu Obiedzińskiego z Bogdanem Konstantynowiczem (ewidencjonowanym przez SB jako TW "Stefanowicz"), który z rekomendacji Ostoi-Owsianego został wyznaczony koordynatorem Obszaru III. Latem 1988 konflikt między Obiedzińskim a Konstantynowiczem, podsycany przez SB, zagroził jedności całej Konfederacji. 

Ostatecznie jesienią 1988 powołano całkowicie nowe kierownictwo Obszaru. Nowym szefem został Żyźniewski, a w skład KAB-u weszli ponadto Jarosław Papis i Sebastian Rybarczyk. Nieformalną rolę "komisarza politycznego" Obszaru III pełnił Ostoja-Owsiany, który równocześnie był członkiem Rady Politycznej. Do KPN dołączyło środowisko studenckie, kierowane przez Adama Ostoja-Owsianego (syna Andrzeja). Natomiast po lipcu 1988 poza Konfederacją znalazła się Więckiewicz (która już od 1987 współpracowała z SW). Weryfikacja członków KPN w Łodzi przeprowadzona w listopadzie 1988 pozwoliła określić jej liczebność na ok. 40 osób (SB szacowała ją o połowę niżej).

Pozycję KPN na łódzkiej scenie politycznej miały umocnić uroczyste obchody 70 rocznicy Odzyskania Niepodległości, poprzedzone wielką akcją ulotkową. 13 listopada 1988 na czele pochodu, który miał przejść spod kościoła jezuitów pod tablicę ku czci Piłsudskiego przy ul. Wschodniej, mieli stanąć Moczulski i Ostoja-Owsiany. Obaj zostali jednak prewencyjnie zatrzymani, choć sam pochód (mimo braku zgody władz administracyjnych) doszedł do skutku.

Wiosną 1989 działacze KPN w Łodzi przyłączyli się do utworzonego przez tutejszy KiK Łódzkiego Porozumienia Obywatelskiego (ŁPO). Inicjatywa ta została jednak storpedowana przez powołanie Wojewódzkiego Komitetu Obywatelskiego w Łodzi (WKO), zdominowanego przez działaczy "S".

W wyborach kontraktowych łódzka KPN zdołała zarejestrować trzech kandydatów: Andrzeja Terleckiego (do Sejmu) oraz Andrzeja Ostoja-Owsianego i Mariana Miszalskiego - do Senatu. Kampania wyborcza toczyła się w atmosferze spięć i utarczek między KPN a WKO. KPN nie zdobyła ani jednego mandatu.

Zorganizowane przez KPN uroczyste obchody Święta Niepodległości w Łodzi 12 listopada 1989 zgromadziły zaledwie 500 osób. Dzień wcześniej w obchodach zorganizowanych przez "S" wzięło udział 4 razy więcej osób.

W wyborach samorządowych w maju 1990 kandydaci KPN wystartowali w ramach ŁPO (wspólnie z działaczami ZChN) i - nieoczekiwanie - odnieśli sukces. ŁPO zdobyło 50 mandatów w 80-osobowej radzie miasta. Przewodniczącym rady wybrano Andrzeja Ostoję-Owsianego. W sumie w radzie miasta było 12 kapeenowców.

Jesienią 1990 na czele łódzkiego KAB stanął Janusz Fatyga. Żyźniewski i Alina Pogoda zostali jego zastępcami.

W wyborach parlamentarnych jesienią 1991 KPN zdobyła w Łodzi tylko jeden mandat (posłem wybrany został Andrzej Terlecki), jeden mandat w Sieradzu i Koninie (Marek Michalik) oraz jeden w Piotrkowie (Andrzej Rychlik). W sumie Obszar III reprezentowany był więc w Sejmie I kadencji przez 3 osoby.